蛇的运输是引种过程中最麻烦的环节，必须保证运输沿途道路畅通、无灾害发生，沿途无疫情，车辆状况良好。在运载种蛇前24小时，应使用高效的消毒剂对车辆和用具进行严格消毒，消毒后较好能空置一天后运蛇，在运蛇前再用安全无毒、刺激性较小的消毒剂彻底消毒一次，并开好消毒证明。
装蛇的地点要选在光线充足、宽敞明亮的地方，这样人眼可以很清楚地看到蛇。但是因为大多数蛇类的视觉适应于阴暗环境而畏明光，其活动能力反而会明显减弱。
运输前，应将暂储存期间分散的蛇予以合并，并分种均等装入涤纶袋内，用绳索系牢，然后根据运输距离再确定装入笼或篓。在装蛇前仔细检查蛇袋，种蛇在装袋前应逐条检查蛇的外观质量，发现个别瘦弱蛇、不理想或“掉包”的蛇应拣出来，再作最后的质量把关，避免买到劣质蛇。
长途运输时，因途中蛇的粪便无法处理，会导致运输途中的小环境严重污染。蛇粪便所含尿酸成分较多，蛇在这种恶劣的环境中往往难以忍受，少数会因尿酸中毒而死亡。因此，一般转运前蛇要停食10天左右。
装蛇时必须将毒蛇与无毒蛇分开装，不同种类的毒蛇也应分开包装，蛇的规格大小较好相等(同一包装内)，以防途中发生大蛇吞吃小蛇的现象。若原来的装蛇工具中毒蛇与无毒蛇混装。需分开时，应先取出毒蛇后再取无毒蛇。取毒蛇较好使用长柄蛇钳或者戴上革制的长筒皮手套。装运某些凶猛的毒蛇时，可先用医用胶布或透明胶带将其吻缠绕贴牢，使蛇可以将舌头伸出口外，这样既不影响呼吸，又使它无法张口咬人。运输眼镜蛇与眼镜王蛇时，千万不能将其在一起混装，不然途中会相互咬斗致伤，甚至会出现蛇吃蛇的现象。 装蛇后，务必整齐地扎好袋口，再配上透气的外包装就可以了。多数量、多品种运送种蛇时，应在箱(或笼)外作好标记，以便于查明箱(或笼)内的蛇种和数量，并在箱(或笼)外加锁，以确保安全。
