蛇类的内部结构由皮肤系统、骨骼系统、肌肉系统、呼吸系统、消化系统、循环系统、尿殖系统、神经系统和感觉系统等所组成。蛇类的体型细长,四肢退化,与此相适应,大部分脏器均呈细长形(如肝、肺)。成对的器官往往前后排列,右侧高,左侧低(如生殖腺、肾脏),或者一侧退化(如肺)。
蛇类的皮肤特点是表皮高度角质化,外被角质鳞,构成完整的鳞被,可以有效地防止体内水分的蒸发;角质鳞的彼此相邻部分角质层变薄,使鳞片稍能活动。蛇的皮肤系统包括表皮和真皮两部分。
表皮由最深居的生发层以及依次向表面的生活细胞层和角质层组成。体表的鳞片则是表皮角化的产物。蛇类头背具有大鳞片,其边缘相互连接。头后、躯干和尾背的鳞片作覆瓦状排列,鳞片之间,叠合区的皮肤较薄,使蛇体能活动自如。真皮由浅层的疏松结缔组织、色素细胞以及深层的致密结缔组织组成。
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蛇在蜕皮时,由于生发层细胞不断分裂形成新的生活细胞层和角质层,这时在酶的作用下,将旧的生活细胞层溶解,使旧的表皮角质层与新细胞层分离,不久,蛇体借助于环境中的石块或树枝,把上下颌的表皮磨开并逐渐向后翻蜕,最后将旧皮完整地蜕去。所蜕出的旧皮,称为蛇蜕,中药称为龙衣。在蛇园饲养的蛇,在活动季节,食物供应充足时,1~2个月即可蜕皮一次。