一般认为蛇起源于古代的某类蜥蜴。现今最古老的蛇类化石发现于中生代白垩纪初期(约7500万年前）。蛇的出现时间可能在侏罗纪(1.8亿年前）。在现代存活的爬行动物中，蛇目与蜥蜴目的亲缘关系最为密切，有着许多相似的地方。在解剖结构方面（比较解剖学研究)主要表现为:①头骨中属于下颞弧的各骨退化或消失;②方骨与脑颅间具有可以活动的关节;③都有极发达的锢鼻器;④雄性都有成对的交接器。在蛋白质分子结构方面(分子生物学研究)表现为:①蛇目和蜥蜴目中一些种类的运铁蛋白和血红蛋白的电泳移动速度形成重叠的系列，目与目之间的区别不明显;②美洲鬣蜥科和蛇目的血红蛋白经胰蛋白酶水解所产生的肽类指纹图也有许多共同的地方等等。
是什么条件促使古代的某类蜥蜴身体增长，失去四肢，逐渐演化成蛇目呢？一种观点认为，蛇类是由古代水生生活的蜥蜴演化而来；另一种观点认为，蛇类起源于生活在茂密草丛中的蜥蜴;还有一种观点则认为，蛇类起源于地下穴居生活的蜥蜴。
在这三种认为的可能性中，蛇类起源于地下穴居生活方式的可能性似乎较大。因为，—方面，现代大多数较原始的蛇类都营穴居生活，如盲蛇科（Typhlopidae)和闪鱗蛇科(Xenopeltidae)的蛇仍然保持着祖先的生活方式;另一方面，现代某些营穴居生活的蜥蜴与蛇类具有更多相似地方(见图2_4-1)，说明穴居生活的结果可能使蜥蜴出现类似蛇类的改变。当然，蛇类起源这个问题只有待获得更多证据后才能最后定论。
