蛇的生殖器官与高等脊椎动物鸟、兽一样，都是体内受精，故雄性都有交配器官，但蛇与蜥蜴的交配器官与鸟、兽的交配器官在起源及结构上极不相同。蛇具有成对的交配囊，位于泄殖腔的两侧，交配囊是由泄殖腔的壁特化而成的，类似两个口袋，平时倒向体内，在其壁上分布有丰富的血管。在交配前，由于性的刺激囊壁上的血管迅速充血，交配囊立即从里翻转突出体（泄殖腔）外，形成顶端略为分叉而整个成圆柱状的交配囊，在其内侧有1条纵向沟，这条纵沟能临时愈合成细长的管道。在交配时，雄蛇把交配囊插人雌蛇体内，使成熟的卵受精。雄蛇虽然有两个交配囊，但每次只有1个交配囊突出泄殖腔外，两个交配囊轮流使用。
大多数蛇类为一年一次生殖周期，有些两年一次生殖周期。雌蛇的繁殖方式分为卵生和卵胎生。
(1)卵生大多数蛇为卵生，卵为椭圆形，两端较钝，多为白色或白褐色，柔软而坚軔（因其卵壳由非钙质的纤维性物质组成）。卵的表面有粘液常常相互粘连在一起，卵的大小及数量因蛇的种类而不同。例如：体长8.5米，重113.5千克的网状癖蛇一次能产82个卵，卵的长径约为10.2厘米，短径约为7.6厘米；体长5.8米，重90.7千克的印度蟒在每年3~4月间产卵，卵的长径是10.2~11.4厘米，短径为5.2~7.6厘米；欧洲游蛇3~4月龄后体长为61~91.5厘米，在春天交配，大约两个月后开始产卵于腐败的植物里或肥料堆中，做成一个凹窝，每次产30~40个卵；黑眉锦蛇约在5月交配，6月左右产卵，卵产于背阳光的潮湿树下，每次产卵7~8个；火赤链蛇1次约产10个卵；眼镜蛇1次能产20个左右的光滑白色硬壳卵；五步蛇每次产卵10~20个。一般说蛇都没有做窝的本领，通常是把卵产于阴暗的地上、腐朽树根上或草堆、肥料堆里，靠太阳辐射热和植物发酵热来孵化，但眼镜王蛇却有选巢的习性。雌蛇在繁殖时能把落叶或枯枝堆成一个窝，窝的结构也奇特，分上、下两层，下层产卵用，上层作雌蛇居住和保护卵使用，有时雄蛇也参与护卵任务，通常蛇无孵卵的本能，只靠自然热能来孵化，因而一般孵化期很长。游蛇孵化大约10周；眼镜蛇在平均21℃时需要7周以上的孵化期，但蟒蛇有孵卵的习惯，它先将产下的卵堆在一起，然后以身体围绕着所有的卵进行孵化。据有人测定，雌蛇在孵卵时的体温比雄蛇体温高12℃左右。雌蛇在孵卵期除离巢去喝水外，一直待到把幼蛇孵出为止，其孵卵期长达80天左右。当蛇的胚胎在卵内发育成幼蛇，即将出壳时，幼蛇便以其吻端的“卵齿”冲破卵壳，然后钻出来，到大自然生活。幼蛇很小，新出生的幼蟒蛇长只有5.1~6.4厘米，每年平均生长约60厘米，但4~5年后增长较慢，平均每年长30厘米。
(2)卵胎生卵胎生的本质也同卵生，所不同的是在卵受精以后，没有从母体排出来，而停留在母体的输卵管下端的“子宫”里，等胚胎在母体内发育成幼蛇后才产出到大自然生活。从雌蛇产仔看，却又像哺乳类动物的胎生，但是蛇的胚胎在母体“子宫”里的发育，却不需要吸取母体的营养，这就不同于真正胎生，这种生殖方式称为“卵胎生'从保证幼蛇的成活率上看，卵胎生比卵生方式好。仔蛇的营养自始至终来自卵中的卵黄，不是来自母体，不形成胎，，母体不过起“孵化箱的”的作用而已，不发生营养上的联系。南美的一种卵胎生蚺蛇科蛇，体长5米多的雌蛇1次能产幼蛇34条，新的幼蛇每条长约68.67厘米。有几种盲蛇也为卵胎生，产于东南亚的—种盲蛇，长45.7厘米，1次产3~8条幼蛇。仅产于印度和斯里兰卡的卵胎生盾尾蛇，1次能产30条左右的幼蛇。海蛇科除较原始半海栖种类外，都为卵胎生。蝰蛇科也均为卵胎生，欧洲蝰蛇每年4月间是其交配高潮期，但也有的在其他月份交配，在8〜9月产仔，一般每次产6〜20条幼蛇，新生的幼蛇长15~20厘米。印度蝰蛇1次能产20~63条幼蛇，蝮蛇科也大多为卵胎生，蝮蛇1次能产6~14条幼蛇。
