蛇类的消化系统是由消化管和消化腺组成，其消化道随着身体的结构形成一根笔直的管子，由口腔、食道、胃、十二指肠、小肠、直肠、泄殖肛腔、泄殖肛孔、肝、胰等组成消化管和消化腺两部分。其中消化腺包括肝、胰、毒腺、唇腺等。蛇类的消化管起于口腔，止于泄殖肛孔，是一条既长而各部位的口径义具有一定差异的长管，这样有利于蛇的消化和吸收，不会妨碍消化道内食物的蠕动，其伸缩性极强，故蛇一次性可以吞吃大量的食物。
蛇类的口腔位于上、下颌之间的空腔，由舌和齿构成。蛇齿数量较多，着生于上颌骨、腭骨、翼骨和齿骨上，并有分化。口腔是蛇类进食消化的“第一站”。
蛇类的食道长而直，约为体长的1／2。其内壁具有明显的纵形皱褶，前端与口腔相连，食道壁较厚具有极强的伸缩力。因此，蛇的食道可以通过较大的食物。
蛇类的胃是消化道中较大的膨胀部分，呈直管状，其长度约为食道的1／4。蛇胃的肌肉也比食道发达。胃的内壁可见粗大的纵囊，伸缩性很强。蛇的消化过程比较缓慢，故食物在胃中停留的时间比较长，一般多为7～10天。
蛇类胃的后部与十二指肠和回肠相连。十二指肠短而直，长度仅1厘米左右，蛇胆汁和胰液分泌到十二指肠。回肠略弯曲，总长度与食管大约相等，其前后分别与十二指肠和大肠相连，呈左右来回状盘曲在蛇体的腹部，具有吸收水分的作用。蛇类的小肠比较细小，肠壁也轻薄，但比食道厚，有发达的肌肉与黏膜层，以增加小肠消化与吸收的面积。
蛇类的直肠位于小肠以下，状短粗，其长度大约为食道的1／10，直肠的末端是泄殖肛腔。
蛇类的泄殖肛腔是大肠、输精管(输卵管)、输尿管、交接器共同开口的地方，故蛇的屎尿不分，排泄物及食物的残渣常混成半液状的物质，经由泄殖肛孔排出体外，完成正常的新陈代谢。
蛇类的消化腺亦称为毒腺，为毒蛇所特有。一般位于眼的后下方，口角的上方，上颌的外侧。毒腺的大小与蛇的种类和蛇体的大小以及伞长成正比。蛇腺导管与蛇毒前部向前延伸形成，是与毒牙基部连接的管道。所有的毒蛇都有口腔黏液腺，它的这些黏液，不仅可以湿润食物，更主要的是毒腺分泌的毒液中含有多种腺体，亦称为消化液。
