原始海生蜥蜴进化成无足而行的蛇，通过如此漫长的时间，首先是在外形上发生变化，由于在水中游动，四脚变得多余，按 照用进废退的规律，四脚慢慢地缩小和退化，身体变细变长，因 为身体愈长，波浪式产生向前向后的冲力就愈有效，随着身体的 变长，其体内器官也必须随之变化，进行某种有趣的重组，如蛇 类的消化道是一根笔直的管子，它的胃不是横着弯曲的囊体，却 只是前肠简单的扩大，蛇类的管道式体腔没有容纳心肺的宽阔胸 腔，没有容纳较大的两叶肝脏的空间，也无法让半球形的肾脏和 生殖腺成对并列，要解决这个问题，只有让成对的器官萎缩其中 之一，而使另外一个伸长来作为补偿，或者使成对的器官交错排 列，或者干脆两个器官合二为一。
蛇的心脏几乎没有受到什么影响，只是它的位置稍向后移 (自头至肛门这段距离的1/3处），紧靠在肾和肝的前面，而肝脏 则明显伸长了，其左叶较短，右叶有时拖长成一根细细的“尾 巴”，通常一直延长到体长一半稍后的位置，胆獎不是嵌在肝脏 里，而是向后移，位于肝脏后面不远的地方。受体腔限制较大的 器官是肺脏，绝大多数蛇类的左肺大大缩小甚至完全消失，只有 蟒蛇和闪鱗蛇中，还保留一个原始的功能性左肺，但即便如此， 其左肺也明显地比右肺小，这一损失的代偿办法，部分是靠右肺 的向后延长，部分是靠沿气管形成一个附加的呼吸面，即所谓的 气管肺。
蛇类体内成对的器官中，较大的是肾脏和生殖腺（精巢或卵 巢），这两种器官不仅变长，而且右边的总是比左边大，并位于左 边器官的前面。由于肾及生殖腺变长，以致把膀胱排挤，使之萎 缩乃至消失，这样，蛇类含氮废物代之以尿酸的形式排出，而尿 酸是一种几乎不溶于水的白垩状固体物质。
蛇的头部，特别是头骨，如与典型的蜥蜴头骨比较，虽然绝 对不同的地方很少，但也有一定的差异，而穴居的蛇和无肢的穴 居蜥蜴之间的差别则较少。蛇类的耳朵也没有鼓膜、鼓室和咽鼓 管，连听觉器官中与接收空气振动有关的所有那呰部件都没有， 一剩下的是一根骨质的棒—耳柱骨，正常情况下，只有靠这根耳柱骨将空气的振动传给埋藏在颅骨侧壁中的内耳，这一事实 提示：蛇类的这种重要感官的丧失与头部变窄成流线形有关。
值得一提的是，蛇类与高等脊椎动物比较，脑变得非常小， 只有现在蜥蜴的一半，它的四肢丧失后，原来控制、协调、指挥 四肢活动这部分大脑已不需要了，另外，由于身体变得细长，体 内脊髓增多，也可以代替消失的那部分大脑管理后半身的运动。
毒蛇的出现也是生物进化的结果，从1.35亿年前出现蛇类直 到新生代第3纪的中新世才出现毒蛇，可谓极其慢长，这体现出 大自然物种进化的规律——自然选择、适者生存。
可以设想，远古时代水生的蜥蜴回到陆地后，生息繁衍，众 多的蛇世世代代共同生活在草木茂盛的沼泽，那里生长着大量的 小生物，它们摄取的食物十分容易，原始蛇群中为争夺食物而相 互伤残的现象甚少，不同物种之间又因各有其丰富的食物，彼此 攻击现象还不多见。所以原始蛇类只有上下两排排列整齐的牙齿， 没有像现在毒蛇的倒钩牙；只有能分泌生物消化酶的唾液腺体， 而没有专门分泌毒素（毒性蛋白）的毒腺囊体。
随着地球气候的不断变化，供蛇类食用的小生物逐渐减少， 而依赖小生物生存的蛇类却日益繁衍增长，自然生态失衡，蛇的 群体中往往因争夺食物、求偶，或为抵御不同物种的侵袭而引起 低级肉体搏斗，如用牙齿撕咬，用躯体摔打、碰撞等，这样，蛇 类为生存而赖以攻击的器官的利用率大大增强了，从而出现形态 结构等方面的代偿性变异。尤其是蛇类的牙齿逐渐进化，演变成 犀利的倒钩牙，并且通过变异遗传基因保持下来。
然而，生物的器官防御功能是极为有限的，如果双方器官抵 御功能过分悬殊时，往往一方将被置于死地，为了适应这一变化， 生物不得不寻求自身某种腺液化学效能来补偿躯体功能的不足， 以对抗、抵御较大的生物，甚至以图置对方于死地，这种生物谋 求新的抵御途径的过程，实际上也是一种生物进化过程。
在毒蛇中，其毒腺是从唾液腺体进化而来的，可以说，蛇的 |毒腺实际上也是一种高度进化的腺体，腺体的后部是主要的分泌郢位，分泌管上皮细胞含有颗粒，不但有毒性，而且还具有消化水解作用的酶。毒蛇能将毒液注入别的生物体，是依靠有沟牙 或（和）管牙来完成的，毒牙的特殊结构和形态，是牙齿器官适 应环境的结果，是“使用与不使用”的结果。毒蛇的毒牙、毒液、 毒腺囊体的产生和变化，要经过亿万年、上千万代的进化才能获 得完善。
由无毒蛇的唾液逐步发展成为毒蛇的毒腺，这是蛇类进化史 中重大的事件，因为它不仅具备强烈的毒液，而且毒牙、毒腺、 导管一应俱全，从而如虎添翼，凭借这一强大武器，在对抗、抵 御敌害和狩捕猎物中大显神威，能使人类“谈蛇色变”。
具有器官防御功能和生物化学效应抵御本能的毒蛇，是千姿 百态蛇种中的后来者，而会喷射毒液的毒蛇，更是毒蛇群体中的 佼佼者，当然，它们的进化历史要比其他毒蛇漫长得多。目前， 已发现会喷毒的毒蛇有：眼镜蛇、眼镜王蛇、五步蛇、莽山烙铁 头等。近年来的研究又发现，一向被认为是游蛇科中的无毒蛇种 的赤链蛇、虎斑游蛇、颈棱蛇、翠青蛇、黄链蛇等，其头部解剖 表明它们颈背部的杜氏腺体能分泌毒液，为混合毒。尤其是虎斑 游蛇，该蛇被激怒时能像眼镜蛇一样昂头扁颈，向人发威，甚至 已有人被该蛇喷毒伤眼的报道，还发现被该蛇咬伤中毒需要抢救 的病例。可见，这些蛇都是在发展进化中的蛇种。可以设想，再 经过数千万年的进化，以上这些蛇种将与眼镜蛇一样，变成凶猛 的会喷毒的毒蛇。
蛇在自然界中的位置应该是属于：动物界一脊索动物门一脊 椎动物亚门一爬行纲一有鳞亚纲一蛇目。具体蛇种在蛇目以下再 分，以银环蛇为例：即蛇目一眼镜蛇科一环蛇属一银环蛇种。为 了分得更细，在每个档次中间设一个小档次，也就是“亚”字， 如蝮蛇属中有蝮蛇短尾亚种。
从以上蛇在动物界的划分位置，我们可以了解到蛇与其他动 物之间的亲缘关系较远，在脊椎动物亚门范围内，蛇与龟、鳄、 楔齿蜥和蜥蜴同属于爬行纲，它与这些动物的关系较为密切，而
与其他各纲的关系较为疏远；在爬行纲范围内，蛇目与蜥蜴目同 属于有鳞亚纲，它们具有许多共同的特征，因此，蛇与蜥蜴的亲 缘关系最为密切。
