蛇约在3亿年前从有四肢的穴居祖先进化而来，它是由占代的蜥蜴类发展起来的真正陆地生活的脊椎动物。最早的蛇类化石发现于距今7500万年前的白垩纪早期的地层巾，蛇类的出现可能还早至1．3亿年前的白垩纪晚期，甚至在侏罗纪就已经有蛇类的存在了。
蛇亚目与蜥蜴亚口关系最接近。许多学者认为蛇类是由古代有四肢的穴居祖先某些蜥蜴类生物进化而来。在漫长的进化历程巾，蛇的四肢退化，使它易于穿过岩隙和地下洞穴，身躯的长度对粗径的比例大大增加，逐渐演化成了今天的爬虫类 蛇类。近代生物学的研究提供了有力的资料，即蛇与蜥蜴某些种类的运铁篮白和血红堡白，其电泳移动速度相同而形成重叠的系列，难以判别出目与目之间的区别。如美洲鬣蜥与蛇类的血红蛋白，经胰蛋白酶水解所产生的多肽指纹图谱有许多相同的地方。因此可以说蛇的祖先是原始的蜥蜴类，或者说是高度进化了的蜥蜴。
与蛇类鳞片和骨骼的结构比较，蛇毒的进化发展更为迅速突出。这可能和环境变化、食物种类在生物的进化过程中有关，存优汰劣，物竞天择。适者生存。这是自然界不可抗拒的规律。某些蛇类为了生存，在环境、气候、食物及许多相关因素的变化下，蛇毒产生了。
蛇毒的产生，既为蛇类的自身生存繁衍立下了汗马功劳，义为现代人们对蛇毒的应用带来好处。但是蛇毒同时也给人们带来了恐惧和不安。
