蛇类在动物界中属脊索动物门、脊椎动物亚门、爬行纲、有鳞目、蛇亚目。
在爬行纲中，有鳞目分为2个亚目：蜥蜴亚目和蛇亚目。这是因为蛇类和蜥蜴类有着许多共同的特征，如通身被覆角质鳞片；无犁骨齿，无翼骨一犁骨连接，无下颞弓，耳柱骨细，榫接式踝关节，跗骨减少，无腹膜肋；成对的半阴茎，泄殖肛孔呈一横裂；舌细长，前端分叉而后端可缩入舌鞘，等等。有些特征与无四肢的蜥蜴共有：左肺退化甚至消失，无外耳与鼓膜，无活动眼睑，生殖腺前后配置等。现代分子生物学的研究表明：蛇与某些种类的蜥蜴的运铁蛋白和血红蛋白电泳移动速度形成重叠的系列；美洲鬣蜥科与蛇类的血红蛋白经胰蛋白酶水解所产生的肽类指纹图有许多共同的地方。从而可以证明，蛇类与蜥蜴类的亲缘关系最为密切。
最早的蛇类化石发现在白垩纪早期，而蛇类的出现还要早些，可能在侏罗纪，而那时蜥蜴已相当繁盛。因此，一般认为蛇类是由古代(晚侏罗纪前)某些地下穴居生活的蜥蜴演化而来的。白垩纪时出现了较原始的蟒蛇，至中新世比较高等而又进化的游蛇和毒蛇类蛇得以繁衍。
