比较解剖学研究的资料指出，蛇与蜥蜴在解剖结构方面 有许多相似的地方，而这些特点甚至是其他爬行动物都不具 备的。蛇与蜥蜴共有的特征主要是： （1）头骨中属于下颞弧 的各骨退化或消失；（2)方骨与脑颅间具有可以活动的关节； (3)都有极发达的锄鼻器；（4)雄性都有成对的交接器。现代 分子生物学的研究，也说明蛇与某些蜥蜴有极密切的亲缘关 系。例如，蛇目和蜥蜴目中一些种类的运铁蛋白和血红蛋白 的电泳移动速度形成重叠的系列，难以作出目与目之间的区 别；美洲鬣蜥科和蛇目的血红蛋白经胰蛋白酶水解所产生的 肽类指纹图，也有许多共同的地方，等等。根据古生物学的资 料，最早的蛇类化石发现于白垩纪初期，蛇的出现可能还要早 些，大概在侏罗纪。此时，蜥蜴已经种类繁多，所以，一般都认 为蛇目是由古代的某类蜥蜴演化而来。
古代的某类蜥蜴，在什么样的条件下，身体増长，失去四 肢，逐渐演化成蛇目呢？ 一种意见认为，蛇类是由古代水生生 活的蜥蜴演化而来。另一种看法是，蛇类起源于生活在茂密 草丛中的蝌蜴。还有一种意见则认为，蛇类起源于地下穴居 生活的蜥蜴。看来，这三种生活方式都有可能导致蜥蜴的身 体变细长、四肢退化。但是，究竟哪一种说法更符合蛇类起源 的客观事实，目前还不能作出结论。
主张蛇类起源于水生生活的，认为蛇类的相先大概是古 代的扁蜥类蜥蜴，后者在现代的代表就是臣蜥科。如果是这 样的话，现在至少应该有一部分蛇类仍旧保持着祖先的生活 方式，可是现代进行水生生活的蛇类，没有仟何种类具有原始 的特征。恰好相反，一些比较原始的低等蛇类，如蟒科和闪鱗
蛇科，前者生活于热带的茂密丛林中，后者在东南亚疏松的 土壤里营地下穴居生活。所以，蛇类起源于永生生活方式的 可能性不大。最近有人用蟒科的几种蛇和巨蜥比较它们的染 色体组型，从细胞学的研究发现，蜣科蛇类与巨蜥确有显著的 差别。因此认为蟒科蛇类与巨蜥之间并没有特别的亲缘关 系。
蛇类起源于地下穴居生活方式的可能性似乎较大。因 为，一方面，现代大多数较原始的蛇类都营穴居生活，说明它 们仍然保持着祖先的生活方式;另一方面，现代的某些穴居生 活的蜥蜴，与蛇类具有更多相似的地方，说明蜥蜴通过穴居生 活的结果，可能出现类似蛇类这样的改变。当然，这个问题有 待获得更多证据，才能最后加以解决。